ตามพงศาวดารภาคที่ 61 กล่าวว่า เมื่อ พ.ศ. 2357 เจ้าเศรษฐีคำฟั่นได้นำพลเมืองจากเชียงใหม่จำนวน 1,000 ครอบครัว และนำมาจากลำปางอีก 500 ครอบครัว มาตั้งรกรากใหม่ในเมืองลำพูน หลังจากที่รกร้างไปเพราะสงครามพม่าราว 30 ปี ได้มีการบูรณะซ่อมแซมวัดวาอารมเก่าทั้งหลาย วัดหนองช้างคืน เมื่อได้พิจารณาตามจำนวนเจ้าอาวาสแล้ว อาจประมาณได้ว่าสร้างขึ้นในสมัยกรุงธนบุรีตอนปลายต่อเนื่องกับสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น
   
   บ้านหนองช้างคืน ตามประวัติศาสตร์ล้านนาไทยที่ นายจอม นนทะธรรม ได้เขียนไว้ว่า ในสมัยที่เจ้าดาราดิเรกรัตน์ไพโรจน์ ครองเมืองหริภุญชัย ได้เกิดมีนิยายรักระหว่างหญิงสาว ชาวบ้านหนองช้างคืน ชื่อว่า “บัวตอง” กับหนุ่มเชื้อสายเจ้าผู้ครองนครหริภุญชัย ชื่อว่า “เจ้าตุ้ม” หรือ “เจ้าน้อยพรหม” ซึ่งเมื่อตอนบวชอยู่มีฉายาว่า “พรหมปัญโญ” อันเป็นราชบุตรของเจ้าชัยลังกาพิศาลโสภาคุณ เจ้าผู้ครองนครหริภุญชัยคนหนึ่งขณะที่เจ้าน้อยพรหมเป็นคู่รักของสาวบัวตองอยู่นั้น คืนวันหนึ่งมีเหตุการณ์เกิดขึ้น มีช้างพังเชือกหนึ่งตกมันอาละวาดจากทางทิศเหนือของเขตแดนเมืองลำพูนเรื่อยมาจนมาถึงหมู่บ้านหนองช้างคืน ช้างพังเชือกนั้นได้ทำลายยุ้งฉางข้าว บ้านเรือน เรือกสวน ไร่นา ของชาวบ้านเสียหายเป็นจำนวนมาก ขณะนั้นเจ้าน้อยพรหมไปเที่ยวหาสาวคนรัก จึงคิดที่จะปกป้องทรัพย์สินของชาวบ้าน แต่ช้างเชือกนั้นจะเข้าทำร้าย เจ้าน้อยพรหมจึงใช้ดาบฟันถูกช้าง ช้างนั้นจึงวิ่งกลับคืนไปพ้นเขตแดนเมืองลำพูนและได้ตายลงในเวลาต่อมา ช้างเชือกนั้นเป็นช้างสำคัญของเจ้าแม่ทิพย์เกสร พระธิดาของเจ้าชีวิตอ้าว แห่งเวียงพิงค์ ชื่อว่า ช้างพัง แม่คำปิ๋ว ซึ่งเจ้าราชสัมพันธวงศ์ (เจ้าธรรมลังกาเชียงใหม่) ยืมมาแล้วให้ขุนแผลงสะท้านใช้ขี่ตรวจแดนเมืองเชียงใหม่ที่ติดต่อกับเมืองลำพูน เมื่อเจ้าแม่ทิพย์เกสรทราบเรื่องจึงสั่งให้นำเอาเจ้าน้อยพรหมไปประหารชีวิต โดยนำไปประหารที่ทุ่งหัวคน หรือหนองปลาเสด็จ ตำบลท่าวังตาล โดยมีหนานปัญญาเป็นเพชฌฆาตตัดคอ ส่วนสาวบัวตองเมื่อทราบเรื่องก็เสียใจผูกคอตายในเวลาต่อมา
   
   ตั้งแต่นั้นมาหมู่บ้านแห่งนี้จึงได้ถูกเรียกว่า “บ้านหนองช้างคืน” ตามชื่อหนองน้ำซึ่งอยู่ทางด้านทิศเหนือที่ช้างพังแม่คำปิ๋ววิ่งกลับคืนไปทางนั้น ทางคนก็เรียกเพี้ยนไปหรือเป็นเพราะในหมู่บ้านนี้ชาวบ้านมีการทอผ้า และช่างทำฟืมทอผ้า

        รูปที่ 1 พระอธิการโต                                 พ.ศ. 2341 -  2399
        รูปที่ 2 พระอธิการอิ่นคำ อินทจกโก                พ.ศ. 2400 -  2459
        รูปที่ 3 พระอธฺการขันติ์ ขนติธมโม                 พ.ศ. 2460 -  2474
        รูปที่ 4 พระอธิการเสาร์ ปญโญ                     พ.ศ. 2475 -  2519
        รูปที่ 5 พระอธิการจันต๊ะ อนาวิโล                  พ.ศ. 2520 -  2544
        รูปที่ 6 พระครูสุปุญญาภิรักษ์                       พ.ศ. 2545 -  ปัจจุบัน